1405 – йил 18 – феврал чоршанба куни кечаси шом билан хуфтон намози ўртасида соҳибқирон Амир Темур Кўрагон ҳаётдан абадий кўз юмади. Амир Темурнинг ўлими ҳаммадан сир тутилиб махсус безатилган аравада амир Хўжа Юсуф бошчилигида Самарқандга жўнатилади. Амир Темурнинг вафоти вақтинча сир тутилади.
Хўжа Юсуф 23 – февралда Самарқандга етказиб келади ва ўша кечасидаёқ марҳум Муҳаммад Султон Мирзо хонақоҳига дафн қилинади. 1405 – йил 18 – март душанба куни Халил Султон Мирзо ҳеч қандай қаршиликсиз Самарқандга кириб, тахтга ўтиради. Ибн Арабшоҳнинг маълумотига қараганда, соҳибқироннинг жасади Муҳаммад Султон мадрасасидаги даҳмага дафн этилган бўлиб, даҳманинг деворларига Темурнинг кийимлари ва қурол-аслаҳалари илиб қўйилган. Мазкур буюмлар қимматбаҳо тошлар ва олтин билан безатилган бўлиб, бу маъданларнинг энг кичик бир бўлаги бир вилоятнинг бир йиллик хирожига тенг келарди. Мақбара ичига катта-катта олтин қандиллар ўрнатилган бўлиб, улардан бирининг оғирлиги 4000 мисқолга тенг эди. Мақбара саҳнига ипак гиламлар тўшалган. Соҳибқироннинг жасади эса шерозли моҳир уста тарафидан ясалган пўлат тобутга солиниб, дафн этилган.
Орадан тўрт йил ўтгач, 1409 – йил май ойида Амир Темурнинг тўртинчи ўғли Шоҳруҳ Мирзо Халил Султон Мирзодан Самарқанд тахтини тортиб олгач, Муҳаммад Султон хонақоҳига келиб, отаси Амир Темурнинг қабрини зиёрат қилади. Шариат тартибларига қаттиқ риоя қилувчи Шоҳруҳ Мирзо мақбарадаги шариат қонун-қоидаларига зид келадиган ишларни, маросимларни ман этади, шу жумладан Амир Темурнинг кийимлари, қурол-аслаҳалари ва барча қимматбаҳо безакларни хазинага қайтаради. Шунингдек, Амир Темур ва Муҳаммад Султон Мирзо жасадларини мадраса хонақоҳидан кўчириб, пўлат тобут ўрнига ёғоч тобутга солиб, ҳозирги Гўри Амир мақбарасига дафн эттиради.
1941 – йилда Гўри Амир мақбарасида Амир Темур ва унинг набираси Муҳаммад Султон Мирзонинг қабрлари очиб текширилганида, ҳар икки жасадни ҳам арча ёғочидан ясалган тобутга солиб дафн этилганлиги маълум бўлади.
“Темурийлар шажараси” китоби асосида 2 Б гуруҳ талабаси Содиқов Бобур тайёрлади.